De 440 km lange Weser ontspringt in Hann. Münden uit de samenvloeiing van de Werra en de Fulda en stroomt door Hessen, Noordrijn-Westfalen, Nedersaksen en Bremen, gedeeltelijk als grensrivier tussen deze deelstaten. Het stroomgebied omvat ook delen van Thüringen en Saksen-Anhalt.
Bron rivieren
De 292 km lange Werra en de 218 km lange Fulda komen samen in Hann. Münden en vormen samen de Weser. Daar, op de noordelijke punt van het Fulda-eiland Tanzwerder, staat de Wezersteen met het opschrift sinds 1899:
„Wo Werra sich und Fulda küssen
Sie ihre Namen büßen müssen,
Und hier entsteht durch diesen Kuss
Deutsch bis zum Meer der Weser Fluss.“– Inschrift Weserstein, Hann. Münden, den 31. Juli 1899
Oberweser
Hann. Münden is het nulpunt van de binnenwaterkilometers van de Weser. Het waterpeil ligt 116,5 m boven de zeespiegel. Als Opper-Wezer stroomt hij door het Weserbergland in de Opper-Wezervallei tot aan Porta Westfalica. De hellingen van de Opper-Wezer-vallei zijn overwegend bebost. Op vele plaatsen werd en wordt nog steeds rode zandsteen gewonnen, waaruit talrijke historische gebouwen zijn opgetrokken. Veel dorpen worden gekenmerkt door vakwerk met een geleidelijke overgang van Hessische naar Nedersaksisch-Westfaalse bouw. Van Hann. Münden tot Bad Karlshafen is de Weser voor een lang stuk de grens tussen Niedersachsen en Hessen, en van daar tot achter Holzminden is het gedeeltelijk de grens tussen Niedersachsen en Nordrhein-Westfalen. Vervolgens stroomt zij door Nedersaksen, en na Rinteln door Noordrijn-Westfalen.
Het Opper-Wezer-doorbraakdal begint bij Hann. Münden en loopt aanvankelijk noordwaarts tussen Reinhardswald en Bramwald, maar buigt bij de Kahlberg voor de Solling scherp naar het westen af. Tussen Reinhardswald en Solling heeft de Weser zich tot 300 m diep ingegraven. Hij passeert Bad Karlshafen en de Hannoveraner kliffen (Weser-Skywalk) en draait naar het noorden aan de zuidwestelijke rand van de Solling. Het dal wordt hier breder, bijvoorbeeld bij Höxter, Holzminden en tussen Hameln en Rinteln, maar daartussen zijn er altijd smalle stukken met steile hellingen, zoals de "Rühler Schweiz". Tussen Holzminden en Bodenwerder passeert de Weser de bergketens Burgberg en Vogler, die net als de Solling tot het natuurpark Solling-Vogler behoren. Ten noorden van Bodenwerder doorkruist de Weser het natuurpark Weserbergland Schaumburg-Hameln. De enige stuw op de Opper-Wezer bevindt zich in Hameln. Het is ook de oudste stuwdam van de hele rivier, ontstaan uit een middeleeuwse molenstuwdam. Beneden Hameln wordt de loop van de rivier steeds westelijker, om bij Vlotho weer noordwaarts te gaan. Na de samenvloeiing met de Werre stroomt de Wezer door het korte, ongeveer 200 m diepe doorbraakdal van de Porta Westfalica (les oog: Keizer Wilhelm Monument) tussen het Wezergebergte en het Wiehengebergte (Wezer km 199, waterstand ongeveer 40 m boven zeeniveau) de Noord-Duitse Laagvlakte in, en doorsnijdt een klein oostelijk deel van het natuurpark Nördlicher Teutoburger Wald-Wiehengebirge, dat zich van het verre Teutoburger Wald over het Wiehengebergte tot in het Wesergebergte kort voor Bückeburg uitstrekt.