Mittelweser
Am Nordrand von Minden wird die Weser vom Mittellandkanal überquert. Ab diesem Wasserstraßenkreuz wird sie nach der Definition des Wasser-und Schifffahrtsamtes als Mittelweser bezeichnet. Aus geographischer Sicht wird manchmal auch die Porta Westfalica als Grenze zwischen Ober- und Mittelweser genannt. Bis Schlüsselburg fließt sie weiter durch Nordrhein-Westfalen, dann ab Stolzenau durch Niedersachsen. Hier in der Norddeutschen Tiefebene spricht man auch von der Weserniederung. Diese wird bis Hoya auch als Mittleres Wesertal bezeichnet. Von einigen sehr kleinen Hängen abgesehen handelt es sich dabei jedoch nicht um ein wirkliches Tal. Die Mittelweser wird durch sieben Staustufen reguliert, und durch Schleusenkanäle teilweise abgekürzt. Die größten Städte in der überwiegend ländlich geprägten Mittelweserregion zwischen Minden und Bremen sind Petershagen, Nienburg, Verden und Achim.
Hydrografisch endet die Mittelweser am Hemelinger Weserwehr in Bremen-Hastedt bei Weser-km 362,3 und einem Wasserspiegel von 4,5 m ü. NN oberhalb des Wehres.
Unterweser
Der Flussabschnitt vom Hemelinger Weserwehr bis zur Mündung in die Nordsee unterliegt den Gezeiten und wird Unterweser genannt. Die Kilometrierung der Binnenwasserstraße reicht jedoch in den Tidenbereich der Unterweser bis 50 m unterhalb der Wilhelm-Kaisen-Brücke. Hier bei Weser-km 366,72, wo seit dem 13. Jahrhundert eine Weserbrücke das obere Ende der Seeschifffahrt markierte, ist der Nullpunkt der Unterweser-Kilometrierung. Seit 1867 beginnt die Seeschifffahrtsstraße allerdings erst an der Brücke der Weserbahn bei Unterweser-km 1,375. Der Tidenhub in Bremen ist durch die Weserkorrektion und nachfolgende Maßnahmen von 0,73 m auf etwa 4 m gestiegen (Niedrigwasser um 1 m ü. NN, Hochwasser um 5 m ü. NN). Die Unterweser fließt zunächst durch Bremen, dann durch Niedersachsen. In Bremerhaven, bei Unterweser-km 65, endet die Unterweser und beginnt die innere Außenweser.
Außenweser
Außenweser wird die Fortsetzung des in Südost-Nordwest-Richtung verlaufenden Mündungstrichters (Ästuar) der Weser im Wattenmeer der Nordsee genannt. Die Außenweser durchschneidet den Nationalpark Niedersächsisches Wattenmeer. Zwei hintereinander in der Außenweser gelegene Wattflächen, Robbenplate und Tegeler Plate, teilen sie in zwei Arme: Wurster Arm / Tegler Rinne im Nordosten und Fedderwarder Fahrwasser / Hohewegrinne im Südwesten. Heutzutage wird nur noch dieser westliche Arm als Fahrwasser genutzt. An der Mündung der Weser in die Nordsee, 452 Flusskilometer von Hann.Münden entfernt, bei Unterweser-km 85,248 ist seewärtige Begrenzung zur Nordsee (laut WaStrG). Hier liegt auf dem Ostufer die niedersächsische Gemeinde Misselwarden. Der Verlauf der Fahrrinne jenseits dieses Punktes wird als äußerer Bereich der Außenweser bezeichnet.
Im Bereich der Außenweser stehen mehrere Leuchttürme im Wattenmeer, darunter der Leuchtturm Hohe Weg. An ihrem nordwestlichen Ende steht der Leuchtturm Tegeler Plate, weiter nordwestwärts in der Nordsee stehen die Leuchttürme Roter Sand und Alte Weser.