Midden-Wezer
Aan de noordrand van Minden wordt de Weser gekruist door het Mittellandkanaal. Vanaf dit knooppunt van waterwegen wordt het volgens de definitie van de Dienst voor Verkeer en Scheepvaart de Midden-Wezer genoemd. Vanuit geografisch oogpunt wordt de Porta Westfalica soms ook als grens tussen de Boven- en Midden-Wezer genoemd. Tot Schlüsselburg stroomt hij door Noordrijn-Westfalen, vervolgens vanaf Stolzenau door Nedersaksen. Hier in de Noord-Duitse Laagvlakte wordt het ook wel de Wezer laagvlakte genoemd. Tot aan Hoya wordt het ook wel de Midden-Wezer-vallei genoemd. Afgezien van een paar zeer kleine hellingen is het echter geen echte vallei. De Midden-Wezer wordt gereguleerd door zeven stuwen en gedeeltelijk ingekort door sluiskanalen. De grootste steden in het overwegend landelijke Midden-Wesergebied tussen Minden en Bremen zijn Petershagen, Nienburg, Verden en Achim.
Hydrografisch eindigt de Midden-Wezer bij de stuw van de Hemelinger Weser in Bremen-Hastedt bij Weser-km 362,3 en een waterstand van 4,5 m boven de zeespiegel boven de stuw.
Neder-Wezer
Het gedeelte van de rivier vanaf de Hemelinger Weserstuw tot aan de monding in de Noordzee is onderhevig aan de getijden en wordt de Neder-Wezer genoemd. De kilometers lange binnenwaterweg reikt echter tot in het getijdengebied van de Beneden-Wezer tot 50 m onder de Wilhelm-Kaisen-brug. Hier bij Weser-km 366,72, waar een Weserbrug sinds de 13e eeuw het boveneind van de zeevaart markeerde, ligt het nulpunt van de Neder-Wezer-kilometrering. Sinds 1867 begint de scheepvaartroute echter pas bij de brug van de Weserspoorweg bij Neder-Wezer-km 1,375. Het getijdenverschil in Bremen is door de Wesercorrectie en latere maatregelen gestegen van 0,73 m tot ca. 4 m (laagwater ca. 1 m boven de zeespiegel, hoogwater ca. 5 m boven de zeespiegel). De Neder-Wezer stroomt eerst door Bremen, dan door Nedersaksen. In Bremerhaven, bij Neder-Wezer-km 65, eindigt de Unterweser en begint de binnenste Buiten-Wezer.
Buiten-Wezer
De Outer Weser is de naam die wordt gegeven aan de voortzetting van het estuarium van de Weser dat in zuidoostelijke-noordwestelijke richting in de Waddenzee van de Noordzee loopt. De Outer Weser doorsnijdt het Niedersächsische Nationalpark Waddenzee. Twee achter elkaar gelegen wadplaten in de Outer Weser, de Robbenplaat en de Tegelerplaat, verdelen de Weser in twee armen: de Wurster Arm / Tegler Rinne in het noordoosten en de Fedderwarder Fahrwasser / Hohewegrinne in het zuidwesten. Tegenwoordig wordt alleen deze westelijke arm nog als vaargeul gebruikt. Bij de monding van de Weser in de Noordzee, 452 rivierkilometers van Hann.Münden, bij Neder-Wezer-km 85.248 is de zeewaartse grens tot de Noordzee (volgens WaStrG). De gemeente Misselwarden in Nedersaksen ligt hier op de oostelijke oever. Het verloop van de vaargeul voorbij dit punt wordt het buitengebied van de Outer Weser genoemd.
In de Waddenzee in het Outer Weser-gebied staan verschillende vuurtorens, waaronder de vuurtoren Hohe Weg. Aan het noordwestelijke uiteinde staat de vuurtoren van de Tegeler Plate, en verder naar het noordwesten in de Noordzee staan de vuurtorens Roter Sand en Alte Weser.